L'étang du Vaccarès est isolé des influences naturelles de la mer et du Rhône depuis la construction de digues au siècle dernier. Depuis 1950, des modifications de la salinité liées aux conditions climatiques et aux activités humaines ont entraîné des changements remarquables de sa végétation aquatique. Les transformations des herbiers ont pu être cartographiées grâce à des relevés effectués en 1963-64, 1974 et 1984. L'évolution saisonnière da la salinité, la bathymétrie, la nature du substrat et les qualités optiques de l'eau permettent d'interpréter les modifications de la végétation. Pendant la phase de dessalement, la végétation à Potamogeton pectinatus et Ruppia maritima évolue vers une végétation dulçaquicole à Myriophyllym spicatum et Phragmites communis. A partir de 1980, l'augmentation de la salinité a permis l'installation d'un herbier monospécifique à Zostera noltii. Par leur action sur la dispersion et la floculation des sédiments, les variations de salinité, ajoutées à l'action des vents fréquents en Camargue, influent sur la transparence de l'eau et la transmission de la lumière dans l'eau. Une meilleure transmission de la lumière serait une explication de la plus grande extension des herbiers pendant la phase de resalement du Vaccarès. L'avenir de cette végétation reste entièrement liée à la salinité dont les variations dépendent des conditions climatiques et des activités humaines.