La méthode amont-aval est utilisée pour estimer la production primaire d'un petit ruisseau de moyenne altitude. Les processus de décomposition excèdent largement la production primaire brute. La réduction de l'éclairement par la végétation arbustive des rives, le fort apport de matières organiques lors de la chute automnale des feuilles et l'envasement progressif lié à l'absence de crues apparaissent comme les principaux facteurs responsables du métabolisme de cet écosystème.

Même dans des conditions d'utilisation limites (faibles variations de l'oxygène dissous, forte diffusion, temps de rétention court, apports par drainage) la méthode amont-aval peut fournir des estimations de production valables ; les principales causes d'erreur sont analysées.