L'étude a été réalisée début mai et fin juin 1994 dans 19 stations : 12 au long du cours principal et 7 au niveau de sources ou d'importants affluents. Les richesses taxonomique et spécifique (principalement Mollusques, Ephéméroptères, Plécoptères, Coléoptères et Trichoptères) montrent une évolution semblable avec un maximum à l'aval. L'analyse biotypologique par A.F.C. sur 68 espèces distingue 4 zones : le haut cours incluant les sources et les affluents montagnards, une zone de transition, une section moyenne très homogène avec les bas cours des principaux affluents malgré des perturbations polluantes et un bas cours à l'aval de deux barrages-retenues. Trois assemblages faunistiques majeurs se dégagent : un d'espèces du crénon-rhithron, un d'espèces plutôt eurytopes et thermophiles, et un d'espèces potamo-limnophiles. La zone de transition se définit alors par les deux assemblages entre lesquels elle se situe. Sur cette base typologique, la prise en compte des groupes trophiques montre que, seule, la basse Moulouya ne s'inscrit pas dans le schéma fonctionnel du 'R.C.C.'. La discontinuité observée à l'aval est probablement due aux effets des barrages (réduction du débit et de la largeur du lit), mais aussi au fait que cette section du fleuve retrouve un caractère plus naturel (ripisylve moins dégradée).