Les résultats présentés sont issus de l'analyse de 283 échantillons sédimentaires prélevés à 7 profondeurs différentes (- 5 à - 35 m) dans 10 lacs de la Franche-Comté jurassienne. La nature des particules constitutives des sédiments lacustres est examinée dans une première partie consacrée à l'analyse microparticulaire comparée du seston et des sédiments récents ainsi qu'à un bilan des valeurs du rapport C/N des apports organiques aux cuvettes lacustres. La recherche est ensuite centrée sur la dynamique de la transformation de la matière organique. En se fondant sur le phénomène général de l'affinement des particules dans l'espace et dans le temps, les variations de la teneur en matière organique et du rapport C/N sont analysées en fonction de la taille des particules et de la hauteur d'eau. Des interprétations relatives au mode du fonctionnement des systèmes lacustres sont effectuées mais la complexité de l'information contenue dans une valeur globale du rapport C/N conduit à proposer une analyse des formes de la matière organique.