Les diatomées de l'épilithon et les chironomidés du benthos ont été utilisés pour évaluer l'impact de pollutions sur la Garonne par les effluents d'une papeterie (Saint Gaudens) et par les rejets d'origine domestique et industrielle (Toulouse). L'indice chironomidien (ICh) est plus stable dans le temps et paraît refléter la qualité globale moyenne de la rivière. L'indice diatomique (IPS) fluctue dans le temps et reflète plus précisément les impacts ponctuels des pollutions. Les valeurs moyennes de l'IPS sont légèrement supérieures à celles de l'ICh mais les deux indices réagissent d'une manière similaire à une dégradation de la qualité de l'eau. Des mesures biologiques complémentaires doivent être envisagées pour une appréciation plus fidèle de la qualité des systèmes lotiques.