El descubrimiento como encuentro degeneró muy pronto en choque de dos mundos. Se dice que en 1492 se inicia la invasión de América por los europeos. Por la guerra y a la fuerza de las armas los españoles fueron conquistando las tierras recientemente descubiertas. A tiro de arcabuz y soplo de peste avanzaban los conquistadores de América. Las bacterias y los virus que los europeos llevaban consigo fueron los aliados mas eficaces de los conquistadores.

El choque de la conquista provocó despoblación, explotación y hasta represión. Ejemplos fueron la despoblación de indios en La Espanola, la matanza de mexicas en la fiesta de Toxcalt y la represion de Nuño de Guzmán en las provincias del norte de México. Fueron hechos lamentables. La reacción de misioneros y moralistas españoles provocó la primera crisis de la conciencia nacional.

Porque españoles fueron los primeros en denunciar y condenar los abusos y crueldades de la primera conquista de América. Nada parecido sucedió en la Europa del Renacimiento. Los españoles criticaron su propia conquista. Y esta autocrítica en catedras universitarias y juntas de gobierno provocó nuevas concepciones, nuevas Utopías y nuevos proyectos sobre América en el reinado de Carlos I, rey de España y emperador de las Indias Occidentales.